Crijevna mikrobiota, crijevni mikrobiom, ranije (pogrešno) zvana crijevna flora, je skup mikroorganizama, uključujući bakterije, archaea, gljive i viruse koji žive u probavnom traktu životinja.[1] Gastrointestinalni metagenom je skup svih mikrobiotnih crijevnih genoma.[2][3] Crijeva su glavna lokacija ljudskog mikrobioma.[4] Mikrobiota crijeva ima širok uticaj, uključujući efekte na kolonizaciju, otpornost na patogene, održavanje crijevnog epitela, metabolizam prehrambenih i farmaceutskih spojeva, kontrolu imunske funkcije, pa čak i ponašanje kroz osu crijeva–mozak.
Mikrobni sastav crijevne mikrobiote varira u različitim regijama probavnog trakta. Debelo crijevo sadrži najveću mikrobnu gustinu zabilježenu u bilo kojem staništu na Zemlji, predstavljajući između 300 i 1000 različitih vrsta.[5] Bakterije su najveća i do sada, najbolje proučavana komponenta i 99% crijevnih bakterija dolazi iz oko 30 ili 40 vrsta.[6] Do 60% suhe mase fecesa su bakterije.[7] Preko 99% bakterija u crijevima su anaerobne, ali u cekumu, aerobne bakterije dostižu veliku gustinu.[4] Procjenjuje se da mikrobiota ljudskog crijeva ima oko stotinu puta više gena nego što ih ima u ljudskom genomu.
<ref>
;
nije naveden tekst za reference s imenom Prescotts
<ref>
;
nije naveden tekst za reference s imenom Guarner and Malagelada 2003b
<ref>
;
nije naveden tekst za reference s imenom Beaugerie L and Petit JC
<ref>
;
nije naveden tekst za reference s imenom Stephen and Cummings